公司在社保缴费扣工资时，需留意以下法律风险：1.缴费基数错误：若公司未按员工实际工资（如5000元）申报社保基数，而以最低基数（如3000元）扣费，会导致个人和单位缴费总额减少，进而降低员工未来养老金、医保报销等待遇。2.单位截留费用：若公司从工资中扣除员工应缴社保费却未上缴社保部门，员工社保账户将欠缴，影响医保报销、社保转移等权益，造成经济损失。
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处理社保缴费扣工资时，需关注以下特殊情形：1.工资变动与基数调整：员工年度内工资（如升职或降薪）发生较大变动，社保缴费基数通常以上年度月均工资为准，当年不调整，可能出现短期内扣费与实际工资不匹配，员工需了解政策避免误解。2.政策调整与比例变化：国家或地方社保政策（如降低养老保险单位缴费比例）调整时，过渡期可能存在新旧比例交替，员工需核对公司扣费比例是否为最新政策规定。3.新员工首月处理：新入职员工首月工作不足一个月的，社保缴费基数可能按首月实际工资或合同约定工资计算，员工应明确首月基数及扣费方式，保障权益。
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公司社保扣工资是否合法，可依据《社会保险法》判断：《中华人民共和国社会保险法》第十二条明确：“用人单位应按国家规定的本单位职工工资总额比例缴纳基本养老保险费，记入统筹基金；职工按国家规定的本人工资比例缴纳，记入个人账户。”-若公司按国家规定的个人缴费比例（如养老保险8%）从工资中代扣代缴，行为合法。-若未按规定比例或擅自提高基数扣费，则违反法律规定，行为不合法。
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公司社保扣工资合法性需结合具体情况判断：1.合法情形：单位按当地社保政策规定的个人缴费比例（如养老8%、医疗2%）及员工实际工资基数计算扣费，合法。2.违规情形：-超过个人应缴比例或擅自提高基数（如实际工资5000元却按6000元基数扣费），多扣部分违规。-代扣社保费未上缴社保部门而私自截留，员工有权要求补缴并追责。

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